متن


پیشگویی ساختارپروتئین

نگارش شده توسط: admin | در تاریخ: 1394/2/2



اگر توالی اسید آمینه ای یک پروتئین باهیچ یک از پروتئین های تعیین ساختار شده قرابت خویشاوندی نداشته باشد و یا هیچ روش تشخیص فولدی با اطمینان کافی نتواند آن توالی را بخشی از یک فولد شناخته شده قلمداد کند، آنگاه ما با مساله پیشگویی ساختار فولد مواجه ایم. احتمال دارد اگر تمام روشهای پیشین بدرستی بررسی شود، با اطمینان بیشتری اظهار کنیم پروتئین در دست بررسی فولد جدیدی دارد که تا به حال مشاهده نشده است و بنا براین نمی‌توان از توپولوژی پروتئین های تعیین ساختار شده بعنوان الگویی برای تعیین ساختمان آن استفاده کنیم. امکان پیش گویی ساختار یک پروتئن در غیاب یک الگو هنوز کار بسیار دشواری است اما احتمال یافتن الگوها با بالا رفتن تعداد ساختار های شناخته شده فزونی می یابد. وقتی یک فولد جدید کشف می‌شود، معمولا مشاهده می گردد که این فولد در سطوح ساختار دوم و یا بالاتر از آن دارای موتیف های مشترکی با دیگر پروتئین ها می‌باشد. این واقعیت گسترش روش هایی را که تحت نامfragment –based شناخته شده اند موجب شده است. این روش ها سعی می‌کند از قطعات ساختاری پروتئین هایی با ساختار معین برای کامل کردن ساختار یک پروتئین هدف استفاده کنند. ارتباط بین توالی محلی و ساختار محلی در پروتئین ها بشدت گسسته است و قطعاتی با توالی یکسان می‌توانند در پروتیئن های مختلف ساختار های متفاوتی را بخود بگیرند، زیرا تاثیر میان کنشهای بلند - دامنه در اینجا دخیل است. یک روش که به سادگی داده پایگاهی از پروتین های تعین ساختار شده را به منظور یافتن قطعاتی با توالی مشابه جستجو می‌کند می‌تواند در اینجا مفید باشد. میان کنشهای محلی مستقل از توالی ممکن است ساختار‌های محلی را که با توجه به قطعات کوچک زنجیره تصور می‌شوند، منحرف سازند. توزیع مشاهده شده کانفورماسیون‌ها برای یک قطعه می‌تواند برای اشتقاق ترجیحات قطعه ای متناسب با هر یک از کانفورماسون ها بکار رود. به عبارت دیگر توزیع کانفورماسیون های نمونه برداری شده برای یک قطعه زنجیره پلی پپتید می‌تواند در حد قابل قبولی به وسیله توزیع ساختار های مطابقت داده شده با آن توالی و با توالیهای مرتبط در پروتئین های تعیین ساختار شده تخمین زده شود. رهیافت قابل قبول برای روش های بر اساس قطعه، انتخاب ساختار‌های ناحیه‌ای برای قطعات کوتاه توالی از روی ساختار‌های شناخته شده سه بعدی و استفاده ترکیبی از آنها برای ساختن تعداد بیشتری مدل های سه بعدی فرضی از پروتئین هدف می‌باشد که بین آنها مدل نهایی بر اساس ملاحظات انرژی انتخاب خواهد شد